手术中、清洗、消毒时，不要把内镜及器械等交叉或重叠放置，不要依靠在消毒箱的侧壁上，各个器械应单独平稳放置。建议有专门的器械摆放柜，成本低，有效避免了器械因相互挤压而造成的损坏。
所有尖锐的穿刺锥、鞘、针类、剪类或有锋的器械（穿刺器等），均须加装保护封帽（到货时都有，注意保存），防止器械本身损伤，也防止损伤其他内镜、器械和清洗人员。
用软刷（牙刷）刷洗前端纹路和器械表面,不要使用金属刷；应使用硬度低的流动水对器械进行清洗。
1.清洗人员必须戴防水手套，防止被消毒液和器械伤害感染；
2.所有器械必须尽可能的拆卸，防止清洗不彻底，用刷子仔细刷洗每 一个地方，特别是管腔、关节轴、缝隙等地方；
3.所有器械关节轴、可活动的连接、螺纹、阀门等，清洗完毕后必须加入润滑油。防止管腔堵死，或关节活动不畅。
清除器械上所有的有机物质、组织碎片、血污及冲洗液痕迹。可以用3％H2O2浸泡结痂严重的电切器械.清洗槽应为塑料制品，不推荐使用不锈钢槽，防止损伤内镜镜片和器械表面。而且注意清洗槽应无孔洞无泄露，防止小配件丢失。
清洗消毒用的液体不能带有酸性或表面活性，否则会腐蚀金属器械。
所有器械使用清洗完毕后再用去离子水或不含矿物质的水冲洗，不要使用生理盐水, 然后凉干或用压缩空气吹干,不能残留有水份，特别是孔管内， 否则会造成器械锈蚀和灭菌不彻底。